蓮麻坑鉛礦山的礦洞荒廢後，礦場下段通道為蝙蝠提供了不受干擾的歇息地，成為香港最重要的蝙蝠集居地，礦洞內棲息著大量冬季族群的長翼蝠和大長翼蝠（在香港發現的物種），數量超過 2,000 隻。該地點還為中華鼠耳蝠、大足鼠耳蝠、小菊頭蝠、魯氏菊頭蝠和 棕果蝠提供了夏季繁殖地。礦場在1994年被列為具特殊科學價值地點（SSSI）。

蓮麻坑河被視為深圳河中最具生態價值的河段，是深圳河未經改造的一部分。該河位於深圳河上游，在2007年被劃定為「具特殊科學價值地點」。蓮麻坑河全長2公里，淡水生境保持良好，共記錄有16種淡水魚類，其中14種為原生的初級淡水魚，佔香港淡水魚類的40%，包括一些較罕見的品種如斯氏波魚、紋唇魚和大刺鰍。相比於受到嚴重污染的深圳河，是該地區珍稀淡水生態資源的最後庇護所。